Copa Colombia
1952-53
Millonarios ganó su primera Copa Colombia, luego de salir subcampeón en el año anterior., venciendo en ambos partidos al Boca Juniors de Cali, su gran rival de la temporada y precisamente el equipo que lo había vencido en la final de la edición anterior. Gana ambos juegos de la final, en la ida en Cali por 2-0 y luego en Bogotá por 3-2.
1962-63
Millonarios ganó por segunda vez la Copa Colombia, el trofeo Copa Colombia como tal le es entregado definitivamente a Millonarios por ganar consecutivamente los Campeonatos de 1951, 1952 y 1953 y la Copa Colombia 1952-53 y luego los Campeonatos de 1961, 1962 y 1963 y la Copa Colombia 1962-63. Vence en ambas finales al Deportivo Cali, ganando 3-2 en Cali y por 2-1 en Bogotá, el 9 de junio, coronándose campeón.
Copa Merconorte 2001
El más reciente título internacional oficial fue la Copa Merconorte 2001, torneo donde participaban algunos equipos de América del Norte y los considerados equipos más importantes de los países del norte de Suramérica, que se disputó durante cuatro años y Colombia con sus equipos tuvo el dominio total de la competencia. Millonarios participó en los cuatro torneos, y fue uno de los equipos con mejores resultados, tuvo grandes actuaciones como fueron la semifinal en 1998, el subtítulo en la edición de 2000 y el título de 2001.
Ganó el Grupo B de la primera fase con 12 puntos por encima de Guadalajara de México, MetroStars de Nueva York e Italchacao de Venezuela. La clasificación a la semifinal fue el 31 de octubre en Giants Stadium con victoria 1-0 en el minuto 93, tanto conseguido por Johan Viáfara.
La semifinal fue ante Necaxa en México, donde perdió el juego de ida 3:2 en el Estadio Victoria de Aguascalientes. La revancha en Bogotá finalizó con el mismo marcador, pero en favor de los azules (3:2), por lo cual se llegó a la definición desde el punto penal donde Millonarios se impuso 3:1.
La final del torneo fue ante Emelec de Ecuador. El primer partido en Bogotá fue el 13 de diciembre, y finalizó 1:1. El 20 de diciembre se disputó el partido de vuelta en Guayaquil, el cuál finalizó con el mismo marcador pese a que Millonarios comenzó ganando con gol de Juan Carlos Jaramillo ('29m). La igualdad de Emelec la anotó Otilino Tenorio ('50m). En la definición por la lotería de los penales, el conjuntoembajador se impuso 3:1 gracias en parte a que el venezolano Rafael Dudamel atajó dos cobros.
Este fue el primer título oficial ganado por Millonarios luego de 12 años de sequía y el único hasta la actualidad desde 1988. Millonarios se quedó en definitiva con la Copa Merconorte además de finalizar como líder de la tabla histórica de esta competición con 54 puntos.
